Město vzkvétalo během 14. století panování krále českého a císaře Svaté říše římské Charles IV z nové dynastie lucemburské. Nařídil budova Nové Město (Nové Město) v blízkosti Starého Města. Karlův most byl postaven na propojení nové čtvrti na Malé Straně. Památky Charles patří svatého Víta, nejstarší gotická katedrála ve střední Evropě, který je vlastně uvnitř hradu a Karlova univerzita. Ta je nejstarší univerzita ve střední Evropě. Praha byla pak třetí-největší město v Evropě. Za Karla, Praha byl od 1355, skutečné hlavní město Svaté říše římské, a byl povýšen do hodnosti to arcibiskupství (1344). Měl mátou, a německých a italských obchodníků, stejně jako bankéři, byli přítomni ve městě. Společenského řádu se však objevily další bouřlivé kvůli rostoucí moc cechu řemeslníků (sami často rozervané vnitřními zápasů) a přítomnost rostoucí počet chudých lidí.

O Velikonocích 1389, členy duchovenstva v Praze oznámil, že Židé měli znesvětili hostitele (eucharistické oplatky) a duchovní vyzývají davy plenění, vyplenit a vypálit židovské čtvrti. Téměř celá židovská populace Prahy (3000 osob) zahynuli.

Během vlády krále Václava IV (1378-1419), Jan Hus, teolog a lektor na Karlově univerzitě, kázal v Praze. V roce 1402, začal dávat kázání v Betlémské kapli. Inspired by John Wycliffe, tato kázání zaměřené na reformu církve. S příliš nebezpečné pro politické a náboženské instituce, Hus byl předvolán na kostnickém koncilu, souzen za kacířství, a spálil v Konstanz v roce 1415. O čtyři roky později v Praze zaznamenalo první defenestrace (akt házel někdo z okna jako politický protest - v tomto případě, městský radní z okna Novoměstské radnice), kdy se lidé vzbouřili pod vedením kněze v Praze Jan Želivský. Hus 'smrt, spolu s Českou proto-nacionalismu a proto-protestantismus, měl pobídl tak-zvané husitských válek. V roce 1420, rolník rebelové pod vedením vojevůdce Jan Žižka, společně s husitskými vojsky z Prahy, porazil českého krále Zikmunda, v bitvě na Vítkově.

V následujících dvou stoletích, Praha posílila svou roli jako obchodní město. Mnohé pozoruhodné gotické stavby byly postaveny [editovat], včetně Vladislavském sále Pražského hradu.